直播的生长二三年收获，育苗移栽的于移栽后翌年早春发芽前，或当年10月上中旬茎叶枯萎后采挖。因其侧根少，可加工条芩。秋后茎叶萎时，除去上间茎叶，顺畦将根完整挖出，剪去残茎，晒至半干，括去老皮，搓直，扎成小把，阴干，曝晒过度易发红，而降低质量。防止雨淋，遭雨淋后的黄芩根，由黄转绿，进而变黑，严重影响质量。

   除去直播的外，均因根分叉多而难于加工条芩。家种黄芩即使是当年生者黄芩甙含量亦高于野生品。深受提取黄芩苷的厂家欢迎。故刨出后，收鲜品者亦有。阴干的加工方法同条芩。有效成分：含黄芩甙、黄芩黄素、汉黄芩素和黄芩新素等。